Alcuni alchimisti medievali in campo cristiano pensarono che la possibile "tramutazione" dei metalli vili in oro era essenzialmente funzione della scoperta della Pietra Filosofale e cioè delle capacità creative dell’ingegno umano. Pertanto essi intesero l’Alchimia come l'agente di perfezione parallelo alle indicazioni di purezza spirituale proposte da Cristo. L'Uomo fu quindi considerato per analogia il "Forno filosofico" in cui si compie l'elaborazione del pensiero capace di scoprire le capacità di trasmutazione che conducono alla purezza.

Secondo gli "alchimisti mistici" il Cristianesimo fondato sulla Chiesa si propone di salvare l’uomo, ma non la natura a cui l’uomo appartiene, mentre per essi il Cristo è il salvatore dell’universo nella sua totalità e non solo dell’anima umana. Pertanto rifacendosi, secondo la secolare tradizione alchemica alla inseparabilità delle concezioni apparentemente in contrapposizione quali "spirito e materia", sostennero il principio della "coincidenza oppositorum", che diceva che ogni manifestazione del pensiero ha due componenti: una manifesta ed una occulta di indole spirituale,che non sono mai separabili. Tale coicidenza tra azione spitituale e materiale fu simbolicamente rappresentata dall' "uroboro" (il serpente che si morde la coda). In considerazione di ciò venne detto che: "Se tu vuoi realizzare la nostra Pietra, sii senza peccato, realizza una vita dedita alla perfezione del mistero dello spirito."

Da questa impostazione gli Alchimisti Mistici, vollero stabilire tutta una serie di equivalenze che avevano per scopo la ricerca l'ottenimento della purezza, parallelamente a quella della salvezza e purificazione spirituale proposta da Cristo al fine di coinvolgere secondo la tradizione alchemica, riletta in senso cristiano, l'intera realtà materiale e spirituale del mondo e degli esseri umani.

La leggenda della Santo Graal (Calice che aveva contenuto il sangue di Cristo in Croce ), fu interpretata come la ricerca della "parola perduta" cioè di una verità rivelata da ricercare dalla quale trarre la saggezza necessaria per attuare la scoperta della Pietra Filosofale.

Inoltre, per ridurre i quattro elementi a una trinità di funzioni, gli alchimisti mistici ritennero che:

Acqua + Aria = Creavano il Principio del Mercurio

Aria + Fuoco = Creavano il Principio dello Zolfo

Fuoco + Terra = Creavano il Principio il Principio del Sale

Ed i tre principi furono associati come elementi terreni opposti ma coincidenti con il Padre il Figlio ed lo Spirito Santo.

Per questa loro importazione tendente ad correlare l’Alchimia di origine pagana agli insegnamenti religiosi del cristianesimo, gli alchimisti medioevali mistici, furono perseguitati dalla Chiesa di Roma, principalmente in quanto tentarono in modo ritenuto blasfemo di unire con analogie e metafore, la Trinità dell’Unità divina a Trinità ed Unità terrene, là dove vennero a volte equiparati, Spirito, Anima e Corpo, a Zolfo (ovvero: Fuoco solido) , Mercurio (ovvero :Acqua permanente) e Sale (ovvero capacità di unione del Padreterno).

Al di là di questa impostazione stravagante, gli alchimisti medioevali importarono nell’Europa Cristiana lo sviluppo della cultura Alchemica progredita nella civiltà Araba di quel periodo e ciò fu comunque importante per lo sviluppo culturale successivo all’epoca medievale.